目前，我国有机食品发展正处于向社会化、市场化、国际化全面推进阶段，市场环境越来越好，市场覆盖面也越来越大，而且有机食品在质量标准和品牌影响力上都具有一定的竞争优势，具备了扩大出口的技术条件。因此，我国有机食品有着巨大的国际市场，前景非常广阔。但是，由于我国发展有机食品事业只有十多年的历程，经验、技术等各方面都还存在许多不足，使得有机食品出口也面临着一些问题。
1.有机贸易出口企业治理机制不规范。我国有机贸易出口企业规模小，组织化程度低，有机品牌经营的理念和能力较弱，呈现出了“小规模、大群体，小生产、大市场”的格局。 给我国有机食品出口带来了不利影响。
2.有机食品出口的产品结构不合理且缺乏创新品种。目前，有机食品产品、销售额都有大幅上升，但是相对于农产品和食品总量来说，有机食品发展的规模、生产总量和开发面积都比较小，而且有机食品的产品结构不尽合理，主要表现在品种单一，粗加工产品多、精深加工产品少，同类产品品牌繁杂、著名品牌少等，无法满足人们对食品日益多样化的需求，对我国绿色食品产品出口多样化形成了障碍。
3.有机食品认证标准体系不完善，且现行出口体制不顺。我国目前的认证体制存在认证过程复杂、技术落后、这些问题使得我国的认证标准至今仍未得到世界各国尤其是欧美发达国家的认可，难以与国际接轨，使得有机食品出口渠道不畅。 这也使得绿色食品出口难度增加。
